Der er stor bageteknisk forskel på almindeligt og økologisk brød. Det betyder, at bageren skal tage en række forbehold under dejlægningen. Økologisk hvedemel er ikke så fint formalet som konventionelt hvedemel; men dog således at melet fra de større møller er finere formalet.
Økologisk hvedemels bagekvalitet kan være meget forskellig, og det skyldes som regel, at møllerne har begrænsede muligheder for at justere melets bagekvalitet ved som normalt at sammenblande forskellige partier. Især skal økologisk hvedemel bearbejdes med omtanke, og det vil være en god ide at anvende fordej eller hævestykke til økologiske brødtyper – også selv om møllerne har tilsat askorbinsyre; idet fordej og hævestykke påvirker de ikke vandopløselige æggehvidestoffer i melet, så dejen bliver nemmere at arbejde med og får en tættere krumme, samt at de omdannede aromastoffer giver en god smag.
Økologisk hvedemel har en - i fagsproget kaldet - mere slap gluten, og det betyder, at den væske vi kommer i økologisk hvededej ikke kan fastholdes i længere tid. Derfor er det nødvendigt med en kort æltetid på ca. 6 minutter; men overkøres dejen bliver den for blød og mister sin opbagningsevne.
Rugmel er ligeledes formalet forskelligt, men er ofte af udmærket kvalitet. Her anbefales æltetider på 15-30 minutter. Dette skyldes især partikkelstørrelsen på melet samt stivelseskvaliteten. Stivelsen skal nemlig have tid til at optage væsken.
Ved fremstilling af et godt rugbrød anbefales det, at man bruger surdej, og det gælder også for fremstilling af almindelig rugbrød.
